除了凝胶浓度,以下因素也会对核酸电泳结果产生影响:
核酸样品的质量和纯度
电泳缓冲液
种类:不同的缓冲液具有不同的 pH 值和离子强度,会影响核酸的带电性质和迁移速度。例如,常用的 TAE 缓冲液(Tris - 乙酸 - EDTA)和 TBE 缓冲液(Tris - 硼酸 - EDTA),TBE 的缓冲能力较强,适合长时间电泳,但高浓度的 TBE 会影响 DNA 的迁移率,而 TAE 则更适合用于大片段 DNA 的电泳。
浓度:缓冲液浓度过高,会使凝胶的电阻增大,产热增加,导致核酸分子的迁移速度减慢,甚至可能使 DNA 条带扭曲变形;浓度过低,缓冲能力不足,会使电泳过程中 pH 值发生变化,影响核酸的迁移。
使用次数:多次使用的缓冲液中离子浓度会发生变化,且可能积累了电泳过程中产生的杂质,如核酸降解产物等,从而影响电泳效果,一般建议及时更换缓冲液。
电场强度
凝胶的制备和保存
染色和成像
染色剂:选择合适的染色剂对于清晰观察核酸条带至关重要。常用的染色剂如溴化乙锭(EB),其与核酸结合的量会影响条带的荧光强度,如果染色时间过长或染色剂浓度过高,可能会导致背景荧光增强,影响条带的清晰度;而染色时间过短或浓度过低,则条带荧光较弱,不易观察。此外,不同染色剂对不同类型核酸的亲和力也有所差异,例如 SYBR Green 对双链 DNA 和 RNA 都有较好的染色效果,而对单链 DNA 的染色效果相对较弱。
成像设备:成像设备的灵敏度、分辨率以及曝光时间等参数设置也会影响核酸电泳结果的呈现。如果曝光时间过长,条带会过亮且可能出现拖尾现象;曝光时间过短,条带则可能显示不出来。